Pada tahun 1986, band bersatu kembali dan meluncurkan album "Suffer" dan mereka kembali dalam format band punk seperti sebelumnya. Album inilah yang menjadi titik balik kebangkitan band ini. Album ini dinilai sebagai album terbaik oleh majalah maximum rock'n roll karena seolah mengingatkan para fans pada Bad Religion di awal-awal pembentukannya yang memainkan lagu-lagu dengan beat cepat, distorsi yang menghentak dan lirik yang keras disertai vokal yang melodius. Album ini sekaligus menjadi pemicu berkembangnya budaya dan sub kultur punk di Southern California karena album ini akhirnya menjadi genre wajib yang diikuti oleh hampir semua band punk dari Southern California, misalnya : Rancid, The Offspring, dan lain-lain.
Album "No Control" yang dirilis pada tahun 1989 dan "Against The Grain" tahun 1990 dan diikuti album "Generator" pada tahun 1992 juga mendapat predikat album rock terbaik dan semakin mendongkrak popularitas band ini, khususnya di Amerika bagian timur/east coast (New York, Washington, etc). Sebelum album "Generator" selesai dirilis, tahun 1991, Peter Finestone mengundurkan diri untuk lebih memfokuskan diri pada band-nya yang lain, The Fishermen, dan posisinya digantikan oleh Bobby Schayer.
Dengan gaya dan aransemen musik yang semakin matang dan menentang trend aliran musik heavy metal dan progressive rock saat itu, Bad Religion hengkang dari Epitaph Records dan bergabung dengan Atlantic Records dan tak lama setelah itu mereka segera merilis album full mereka yang ketujuh, "Recipe For Hate" pada pertengahan tahun 1993 yang sebenarnya lebih merupakan penjualan hak rilis album itu oleh Epitaph Records kepada Atlantic Records. Pada tahun 1994, "Stranger Than Fiction" dirilis, tapi Mr.Brett segera mengundurkan diri saat album itu selesai. Mr.Brett memutuskan untuk mengundurkan diri karena disibukkan oleh The Offspring yang saat itu mengukir sejarah sebagai band dengan penjualan kaset terbanyak di dunia musik underground dan direkomendasikan untuk masuk ke dalam major label oleh Mr.Brett. Namun. konon perginya Mr. Brett dari Bad Religion lebih disebabkan oleh ketidakcocokan dan pertengkaran yang hebat dengan basist Jay Bentley. Bahkan, Mr. Brett membentuk band baru yang salah satu lagunya "Hate You" didedikasikan pada Jay untuk menumpahkan kebenciannya. Banyak fans setia Bad Religion yang menyesali hengkangnya Mr. Brett, yang berdua dengan Gregg Graffin, dipandang sebagai penulis lirik punk rock yang sangat berbakat, kalau tidak bisa dibilang terbaik di dunia dalam genre-nya.
Mr. Brett pun kemudian fokus untuk membesarkan perusahaan rekamannya Epitaph yang akhirnya sekarang menjadi perusahaan label indie terbesar di dunia yang menjadi rumah bagi mayoritas band-band punk rock, hardcore, serta band-band rap dan hip-hop yang penuh bakat. Band-band besar yang dibesarkan oleh Epitaph antara lain Rancid, NOFX, Offspring, Descendent, dan Millencolin. Sementara band-band baru yang penuh bakat di antaranya Sage Francis (rap hip-hop) dan The Higher (pop rock).
Sepeninggal Mr. Brett, Bad Religion terus berkarya dimotori oleh Gregg Graffin seorang. Band merekrut gitaris baru yang tak kalah legendaris dalam dunia punk rock sebagai pengganti Mr Brett, yaitu Brian Baker (pernah bergabung dengan band punk legendaris "Minor Threat"). Album "The Gray Race" (1996), album pertama band ini tanpa Mr. Brett, berhasil menghapus kekhawatiran para penggemar bahwa musik Bad Religion akan kehilangan kualitas. Album tersebut benar-benar tetap setia pada citra band yang cepat, menghentak, dengan vokal penuh melodi serta lyric yang kritis. Graffin menulis sendiri semua lyric dan nada semua alat instrumen dalam lagu tersebut, dibantu dengan beberapa aransemen gitar dari Baker. Namun pada album-album berikutnya, Graffin tampak kehilangan sentuhannya. "No Substance" (1998) dipandang sebagai album terburuk oleh mayoritas fans Bad Religion. Padahal dalam album tersebut Graffin berusaha melibatkan anggota band lainnya dalam penulisan lagu. Tampak sekali bahwa tanpa Mr. Brett, Graffin kehilangan seorang "soul mate" yang bisa saling mendukung dan berkompetisi, dalam arti positif, untuk membuat lagi lagu-lagu punk rock yang bisa disandingkan sejajar dengan lagu-lagu legendaris khas Bad Religion sebelumnya seperti, "Do What You Want" (Album Suffer, 1988), "Along the way" (Back to the Known, 1984), dan "American Jesus" (Recipe for Hate, 1993).
Dalam meluncurkan album ketiganya "The New America" (2000} untuk Atlantic Records, Graffin mulai mendekati kembali Mr. Brett. Dan Mr. Brett bersedia berkolaborasi dengan Graffin untuk menulis lagu berjudul "Believe it" dalam album tersebut. Mr. Brett juga memainkan melodi gitar untuk lagu itu. Album tersebut merupakan sejarah bagi Bad Religion dan fansnya karena menandakan reunifikasi kembali Mr. Brett dengan Bad Religion, band yang ia dirikan bersama dengan Gregg Graffin dan Jay Bentley. Selama pembuatan album, secara alami muncul keinginan dalam diri Graffin untuk mengundang Mr. Brett bergabung kembali. Semua anggota band lain mendukung dan ketika undangan disuarakan, Mr Brett dengan mantap mengiyakan, dengan syarat Bad Religion harus kembali ke label Epitaph, perusahaan yang pada awalnya didirikan untuk memproduksi dan mendistribusikan album-album Bad Religion. Syarat tersebut tidak sulit dipenuhi karena masa kontrak dengan Atlantic Records sudah akan berakhir dan memang Bad Religion yang dimotori Graffin juga sangat ingin kembali ke Epitaph Records. Fans band tersebut di seluruh dunia sangat gembira dan bersemangat menunggu prospek bersatunya kembali dua penulis lagu punk rock terbaik di dunia, Mr. Brett dan Gregg Graffin serta label Epitaph dengan Bad Religion.
Album "The Process of Belief" (2002) merupakan album pertama Bad Religion untuk Epitaph. Band mempunyai drummer baru yang muda dan berbakat yakni Brooks Wackerman (pernah tergabung dengan Suicidal Tendencies). Bobby Schayer meninggalkan band karena alasan cidera punggung. Namun, dia kecewa karena merasa tidak diberi cukup kesempatan untuk pemulihan. Dengan bergabungnya Wackerman, beat musik Bad Religion lebih cepat dan bertenaga. Energi baru tersebut melengkapi bergabungnya sumber energi utama band yaitu Mr. Brett dan Graffin. Album mereka disambut baik oleh fans dan kritikus. Bad Religion tidak terlena dengan pujian atau lekang oleh usia. Kreasi terus bertumbuh melalui album "Empire Strike First" (2004) dan terakhir "New Maps off Hell" (2007).
Menginjak 27 tahun eksistensinya Bad Religion tetap loyal dan setia pada akar musik yang mereka bentuk dan pada harapan yang tersirat dalam lyric mereka ditengah dunia yang penuh pesimism. Dunia yang diwarnai fanatisme agama, perang, kekerdilan aparat pemerintah, dan mental remaja yang rusak oleh kapitalisme. Bad Religion sejak awal merupakan suara lantang yang memecahkan hiruk pikuk buram tersebut. Suara yang dibagi oleh banyak orang, bukan hanya penggemar punk rock. Itulah yang membuat band ini terus eksis dan melegenda.